气相色谱分析室：主要是对容易转化为气态而不分解的液态有机化合物及气态样品的分析。

 

  仪器设备主要有气相色谱仪，具有计算机控制系统及数据处理系统，自动化程度很高，对有机化合物具有高效的分离能力，所用载气主要有：H2、N2、Ar、He、CO2等。但对高沸点化合物，难挥发的及热不稳定的化合物、离子化合物、高聚物的分离却无能为力。

 

  要求局部排风及避免阳光直射在仪器上，避免影响电路系统正常工作的电场及磁场存在，一般设计全钢通风柜、全钢实验台、仪器台、万向排气罩、电脑台、边台、洗涤台、试剂柜等。

 

  相色谱分析室：主要体现在高效率分离，对复杂的有机化合物分离制取纯净化合物，定量分析和定性分析。

 

  仪器设备主要有：高效液相色谱仪，适宜于高沸点化合物、难挥发化合物、热不稳定化合物、离子化合物、高聚物等，弥补气相色谱仪的不足。

 

  质谱分析室：主要是对纯有机物的定性分析，实现对有机化合物的分子量、分子式、分子结构的测定。

 

  质谱仪是利用电磁学的原理，使物质的离子按照基特征的质荷比来进行分离并进行质谱分析的仪器，缺点是对复杂有机混合物的分离无能为力。

 

  样品处理室：一般有洗涤台、实验台、通风柜等设备，同化学实验室类似。

 

  洁净实验室：主要是通过人为的手段，应用洁净技术实现控制室内空气中尘埃、含菌浓度、温湿度与压力、以达到所要求的洁净度、温湿度和气流速度等环境参数。